New tools for the unraveling of the importance of the gut microbiota.

External promotor(s): 
A. Van Landschoot
W. Verstraete
Staff Extern: 
Koenraad Van Hoorde
Description: 

In order to monitor the possible effect of (functional) foods, medication, toxic compounds, etc… on the microbial composition of the gastro-intestinal tract or to link (predispositions to) disease with the gut microbiota, fast powerful identification tools are essential. Nowadays, several sequencing and molecular fingerprinting tools (e.g. clone libraries and DGGE) are at hand to try to identify the different members of such complex microbial communities, however, all with their respective advantages and unfortunately also disadvantages. The aim of this project, is to set up MALDI-TOF-MS approach as a reliable and fast high-throughput analysis tool to study microbial communities associated with the gastro-intestinal tract. To this, samples retrieved from the SHIME, a simulator of the human intestinal microbial ecosystem, will be analyzed as a leg up to the subsequent implementation on animals and humans.

Run time: 
01/09/2009 to 31/08/2015
Project titel (NL): 
Nieuwe methodes voor het onderzoeken van het belang van darmmicrobiota.
Project omschrijving (NL): 

Om het mogelijke effect van (functionele) voedingsmiddelen, medicijnen, toxische stoffen enz. ... op de microbiële samenstelling van het maag-darmkanaal te monitoren of om de link tussen (aanleg voor) ziekte en darmflora te kunnen leggen, zijn snelle en krachtige identificatiemiddelen essentieel. Tegenwoordig zijn verschillende sequenerings- en moleculaire fingerprinting-instrumenten (bijvoorbeeld kloonbibliotheken en DGGE) beschikbaar om te proberen de verschillende leden van deze complexe microbiële gemeenschappen te identificeren, echter, allemaal met hun eigen voordelen en helaas ook nadelen. Het doel van dit project is het opzetten van een MALDI-TOF-MS benadering als een betrouwbare en snelle, hoge-uitvoer-analysetechniek om microbiële gemeenschappen in het maag-darmkanaal te bestuderen. Hiervoor zullen monsters, opgehaald uit de SHIME, een simulator van het menselijke darm microbiële ecosysteem, worden geanalyseerd als een opstap naar de verdere implementatie op dieren en mensen.